Embrio GMIH dimulai dari kegiatan pekabaran Injil yan dilakukan oleh H. Van Dijken_tenaga utusan Utrechtsche Zendings Vereeniging (UZV) pada tahun 1867 di desa Duma, Galela. Seruan pertobatan selalu didengungkan kepada masyarakat Galela, karena ia menganggap perlu untuk mencabut kehidupan masyarakat Galela dari kekafiran. dengan agama berhala dibuang. Seperti perkawinan adat. Adapun usaha-usaha lain yang dilakukan dalam rangka mengembangkan dan memperluas pI di Halmahera adalah dalam bidang pertanian, pendidikan dan kesehatan. Nafas penginjilan di desa Duma Galela menjadi roh penginjilan Halmahera yang terus menjalar sampai di wilayah Barat, Timur dan Selatan. A. Hueting, Van Baarda, J.L.D. van der Roest, J.A.F. Schut dan J. Forgens turut memberikan kontribusi dalam ekspansi penginjilan di wilayah-wilayah lain.
Pada akhir PD II, para zendeling kembali ke Halmahera. Pada tahun 1946, kembalilah sejumlah tenaga zending, walaupun mereka sudah tidak lagi dengan panji UZV, karena mereka telah menggambungkan diri ke dalam badan zending VNZ. Ketika kembali mereka tidak menerima begitu saja pembentukan Gereja Protestan Halmahera (selanjutnya disingkat GPH). Mereka menerima nama GPH untuk sementara waktu, Di samping itu tetap mencari solusi terbaik bagi kemandirian. Dengan begitu menyebabkan berbagai konferensi dilaksanakan demi membahas masalah pendirian dan kemandirian Gereja. Selama periode ini, ada dua gagasan yang berkembang, yakni bergabung dengan GPM (Gereja Protestan Maluku) dengan pengaruh zending Belanda; atau mendirikan sebuah Gereja yang benar-benar mandiri di bumi Halmahera. Bagaimana pun juga, kembalinya zending ke Halmahera telah menemukan sebuah situasi yang benar-benar berbeda.
Pergumulan memperoleh puncaknya ketika spirit kemandirian gereja di Halmahera terus dibangun secara bersama-sama, baik oleh orang Halmahera dan juga para zendeling. Untuk merealisasikan semangat tersebut, maka zending mengambil tiga langkah konkret yakni, Pertama, mereka berusaha menata kembali pekerjaan rutin Gereja. Kedua, menahbiskan para guru jemaat/sekolah yang senior pada Agustus 1946, kelima oran tersebut adalah, H.B. Hamijs, E. Polnaija, J.F. Noija, J. Djawa dan P.J. Joija. Dan langkah yang ketiga adalah melakukan konferensi di Tobelo dari 11-18 Januari 1947, yang anggotanya terbatas pada kelima guru jemaat yang telah ditahbiskan di atas.
Setelah itu, satu tahun kemudian diadakan Proto-Sinode kedua. Dalam pertemuan tersebut dihasilkan sebuah badan persiapan Sinode Gereja. Antara Juni 1948-Juni 1949, badan tersebut harus menghasilkan rumusan Anggaran Dasar dan Tata Gereja dengan sembilan pasalnya, yaitu : 1) Gereja; 2) Jemaat; 3) Jabatan; 4) Pelayanan Al-Kalam dan Tanda-Tanda Ezrar (Sakramen); 5) Nikah; 6) Umat Kristen di dalam Persekutuan adat dan masyarakat Baru; 7) Keuangan; 8) Hubungan dengan Gereja lain ; 9) Permohonan peraturan Gereja.
Jadi, sidang sinode pertama dilakukan di Tobelo dari 4-14 Juni 1949. Pada tanggal 4-5 Juni, Anggaran Dasar dan Tata Gereja diteliti, diamendir dan ahirnya diterima. Pada tanggal 5 Juni terjadi perdebatan hebat mengenai nama Gereja. Dan ketika permasalahan nama selesai, maka pada tanggal 6 Juni upacara berlangsung dan bersamaan dengan itu GMIH secara resmi didirikan. Ketua sinode yang pertama adalah Pdt. A. Ploeger dari VNZ. Keenam anggota lainnya dari Badan Pengurus ini terdiri dari tiga orang Halmahera (J. Junga, sebagai Sekretaris; Pdt. J. Djawa dan R.B. Djago) serta tiga orang Ambon (Pdt. E. Polnaija, Wakil Ketua; S.B. Lesnussa, Bendahara; dan J. Noija).
Sejak berdiri, GMIH terus menjalankan misi penginjilan di Halmahera dengan sifat dan pergumulannya menghadapi situasi dan kondisi Halmahera yang sebagai locus pelayanannya.
Halmahera adalah wilayah pelayanan GMIH. Pulau dengan 32 sub suku tersebut merupakan locus yang menjadi tempat GMIH lahir dan berkembang. Pulau Halmahera dan pulau sekitarnya tersebut kemudian dibagi dalam 45 wilayah pelayanan. Saat ini jemaat definifnya berjumlah 436 jemaat. Secara geografis, GMIH memiliki wilayah pelayanan yang mencakup pulau Halmahera dan pulau-pulau sekitarnya.
GMIH didirikan pda tanggal 6 Juni 1949. Persekutuan tersebut kemudian bergabung dalam keanggotaan PGI pada tahun 1950. Kemudian pada tahun 1988, GMIH secara resmi terdaftar pada Departemen Agama melalui Surat Keputusan Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Protestan No. 85 Tahun 1988, tertanggal 21 Maret 1988.
Badan Pekerja Harian Sinode GMIH
Ketua Umum : Pdt. Demianus Ice, M.Th.
Ketua I : Pdt. Oscar J. S. May, M.Si.
Ketua II : Pdt. Jansen Petrof, S.Si-Teol.
Ketua III : Ir Frans Manery
Ketua IV : Pdt. Silwanus I. H. Banggai, S.Th.
Ketua V : Danny Missy, SE.,M.Si.
Ketua VI : Pdt. Fx. Tjeleni, S.Th.
Sekretaris Umum : Pdt. Verdianus Goselaw
Wakil Sekretaris Umum : Pdt. Abram Ugu, M.Th.
Bendahara Umum : Pdt. Merry M. Mailoa, MM.
Wakil Bendahara Umum : Pdt. Meidi Mewengkang
GMIH 2012-2017 merupakan perjalanan awal GMIH dalam rentang waktu bervisi 25 tahun. Periode ini adalah periode peletakan dasar pertama dalam menata pelayanan GMIH dengan mengidentifikasi berbagai hal untuk memampukan GMIH mengawali jejak langkahnya untuk menuju pada utuh, mandiri dan misioner. Dalam jejak langkah pertama ini, harus disadari bahwa konflik yang diawali dengan SSI kelompok tertentu (yang kemudian disebut kelompok Vak 1), telah mengkondisikan GMIH untuk terfokus pada konsolidasi dan kordinasi semua jajaran dalam memahami dengan benar apa, siapa dan mengapa GMIH. Kondisi tersebut kemudian juga menggiring GMIH untuk menghabiskan waktu 3 tahun untuk menata kelembagaan serta persoalan-persoalan praktis dalam mengelola konflik.
Gereja Masehi Injili di Halmahera dengan pulau Halmahera dan sekitarnya sebagai locus pelayanannya, merupakan Gereja yang hadir untuk memberikan pembaharuan hidup manusia Halmahera dengan segala pergumulannya. Perjalanan untuk periode II dalam rentang waktu 25 tahun GMIH bervisi utuh, mandiri dan misioner, merupakan perjalanan yang nantinya dicerminkan pada apa yang terjadi pada sebelumnya. Dengan memandang hari kemarin sebagai sejaran perjalanan GMIH, maka patut untuk memberikan penekanan pada beberapa hal berikut :
Sasaran Strategis 2012-2037
Yang dimaksud dengan UTUH adalah pelayanan gereja yang terintegrasi dan ter-arah berdasarkan sistem presbiterial sinodal yang sehati, sepikir dan segerakan dalam tugas dan panggilan semua komponen gereja secara intern GMIH maupun dalam hubungan ekumenis dengan gereja-gereja anggota PGI dan mitra gereja-gereja serta mitra luar negeri.
Indikator utama :
Yang dimaksud dengan MANDIRI adalah kemampuan gereja (pelayan khusus dan jemaat) dalam tanggung jawab pelayanan berdasarkan teologi, ajaran dan eklesiologi (aturan) GMIH yang ditopang dengan kemampuan keuangan untuk membiayai diri sendiri dan tanggungjawab keuangan bersinode. Kemandirian dalam konsep ini harus dibedakan dengan pengertian masing-masing jemaat mengurus dirinya sendir. Kemandirian disini lebih berarti kemampuan dalam tanggungjawab menangani pelayanan dan masalah-masalah pastoral dalam lingkungan/wilayah kerja (jemaat/wilayah/sinode/bidang kategorial dan non kategorial).
Indikator Utama :
Yang dimaksud dengan misioner adalah kemampuan Gereja dalam menjalankan fungsi penginjilan dalam semua aspek kehidupan secara komprehensif. Fungsi penginjilan ini tergambar dalam setiap gerakan pelayanan GMIH untuk memaksimalkan semua potensi sumber daya untuk menjadi garam dan terang bagi kehidupan umat secara khusus dan masyarakat secara umum.
Indikator utama :